تنوع ژنتیکی 45 رقم گندم با استفاده از نشانگرهای چند شکلی طول قطعات تکثیر یافته (AFLP) بررسی شد. از یازده ترکیب ،P-ATG/M-CAT ،P-ATG/M-CTG ،P-CGA/M-CTA) آغازگر ترکیب شش ،AFLP شکلی چند بررسی برای Mse1 و PstI آغازگر P-AGT/M-CAG ،P-AGT/M-CTA و P-ATG/M-CAG) نوارهای چند شکل تولید کردند. در مجموع 328 نوار بهدست آمد که از بین آنها 207 نوار (63/10%) در بین ژنوتیپها چند شکل بود که نشاندهنده درصد بالای چند شکلی در بین ژنوتیپها است. میزان اطلاعات چند شکلی (PIC) بین 0/39 در آغازگر P-AGT/M-CAG تا 0/44 در آغازگر P-ATG/M-CTG متغیر بود. بر طبق شاخص تنوع ژنی نی و شاخص اطلاعات شانون، بیشترین و کمترین تنوع ژنتیکی درون ژنوتیپها بر اساس ترکیبات آغازگر در P-ATG/MM-CAT و P-CGA/M-CTA بهدست آمد. تجزیه کلاستر بر اساس روش دورترین همسایهها و با استفاده از فاصله ژنتیکی نی ژنوتیپها را به 1 شش گروه طبقهبندی کرد. بیشترین تعداد ژنوتیپها در کلاستر ششم (41/86%) و کمترین آنها در کلاستر چهارم (4/65%) قرار گرفتند. دامنه تشابه بر اساس ضریب تشابه دایس از 0/57 تا 0/99 متغیر بود. دو ژنوتیپ آرتا و قدس بیشترین تشابه ژنتیکی (0/99) چندشکلی، تجزیه خوشهای، تجزیه به بردارهای اصلی و دو ژنوتیپ آزادی و کوهدشت کمترین شباهت (0/569) را با سایر ژنوتیپها داشتند.