رضا معصومی جهاندیزی

آنزیم آلفا آمیلاز (EC:3.2.1.1) با اثر بر پیوند 4-1α گلیکوزیدی در نشاسته سبب شکسته شدن آن به مونو یا اولیگوساکاریدها شده و بطور وسیعی این آنزیم در طبیعت گسترده شده است و در اکثر قارچها، باکتریها، گیاهان و حیوانات یافت میشود[1]. تمام اعضای خانواده آنزیم -α آمیلاز دارای ویژگیهای مشترک زیر هستند: 1. نقش هیدولیزی دارند؛ یعنی با اثر بر روی پیوند گلیکوزیدی سبب هیدرولیز و شکسته شدن آن می شود. 2. یک کلسیم متالوپروتئین هستند؛ و در صورت عدم حضور کلسیم در ساختارش غیرفعال میباشند. 3. دارای ساختاری متشکل از 8 مارپیچ آلفا و 8 صفحه بتا 8 (α /β) میباشند. 4. دارای چهار ناحیه حفاظت شده در توالی اولیه خود هستند که دارای آمینواسیدهایی است که مکان کاتالیتیک را میسازند که در این آمینواسیدها در حفظ و پایداری ساختار فعال موثرند[2,3]. مزوفیلها یا میانه دوستها ارگانیسمهایی هستند که شامل برخی از گونه های باکتریها (پروکاریوتها)، قارچها (یوکاریوتها) و حتی برخی از آرکیها و... میشوند؛ که در دمای متوسط فعال هستند. عمده فعالیت آنها در دمای 90-70 فارنهایت (یا حدود 40- 15 سانتی گراد) میباشد. چند نمونه از مزوفیلها عبارتند ازBacillus subtilis ، Escherichia coli، Yersinia pestis . ترموفیلها یا گرمادوستها ارگانیسمهایی هستند که شامل باکتریها (پروکاریوتها) ، آرکیها و برخی از قارچها (یوکاریوتها) هستند؛ که در دماهای بالا فعالند. عمده فعالیت آنها در دمای 107- 104 فارنهایت (یا حدود 85- 40 سانتیگراد ) میبا شد. سازگاریهایی که گرمادوستها بدست آوردند برای اینکه بتوانند در این دماهای بالا فعالیت کنند، بیشتر در سطح پروتئینها، RNA، DNA و سایر اجزای سلولی بوده و به اینترکشن و تعاملات بین آنها بستگی دارد. برای مثال در سطح پروتئینها این سازگاریها شامل تعداد اسیدآمینه های موجود در آن، نوع اسیدآمینه ها، میزان تکرار اسیدآمینه ها و نحوه قرارگیری آنها در پروتئین میباشدکه این عوامل سبب تعاملات و اتصال پروتئین با سایر اجزای سلولی مثل DNA در فعالیتها میشوند. بنابراین ارگانیسم به راحتی میتواند در چنین دماهای بالا به فعالیت خود ادامه دهد[4،5]. چند نمونه از ترموفیلها عبارتند از: Aquifex aeolicus، Thermoplasma acidophilum، Methanobacterium thermoautotrophicum [6]. بیوانفورماتیک علمی است نوین که در آن با استفاده از کامپیوتر، نرم افزا