شوراهای پژوهشی، نهادهای تصمیم گیرنده در مورد سیاستها و اولویتهای دانشگاه هستند. این شوراها دارای یک ساختار سلسلهمراتبیاند که در رأس آنها "شورای پژوهشی دانشگاه" قرار دارد؛ و دیگر شوراها، مانند: شوراهای پژوهشی دانشکدهها، و ... به نوعی، زیر مجموعه آن میباشند. شورای پژوهشی دانشگاه شورای پژوهشی دانشکده فنی و مهندسی شورای پژوهشی گروه عمران شورای پژوهشی گروه مهندسی مواد و متالورژی شورای پژوهشی گروه مکانیک شورای پژوهشی گروه مهندسی شیمی شورای پژوهشی دانشکده کشاورزی شورای پژوهشی گروه علوم باغبانی شورای پژوهشی گروه گیاهپزشکی شورای پژوهشی گروه مهندسی مکانیک بیوسیستم شورای پژوهشی گروه علوم و مهندسی خاک شورای پژوهشی گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی شورای پژوهشی گروه علوم و مهندسی آب شورای پژوهشی دانشکده علوم پایه شورای پژوهشی گروه زیست شناسی شورای پژوهشی گروه ریاضی شورای پژوهشی گروه شیمی شورای پژوهشی دانشکده علوم انسانی شورای پژوهشی گروه حقوق شورای پژوهشی گروه معارف اسلامی شورای پژوهشی گروه زبان انگلیسی شورای پژوهشی گروه جغرافیا و برنامه ریزی شهری شورای پژوهشی گروه روانشناسی شورای پژوهشی گروه علوم ورزشی شورای پژوهشی مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک مراغه